Actuellement, les cours d’eau suisses subissent de fortes atteintes : espace grignoté au profit de l’urbanisation ou de l’agriculture, ouvrages de protection contre les crues, exploitation hydroélectrique. Tout ceci perturbe fortement les biotopes aquatiques. Plus de 90% des zones alluviales ont disparu et 60% des espèces de poissons et de plantes aquatiques figurent sur la Liste rouge. Aucun autre biotope n’a autant souffert dans notre pays. 

Nous désignons par ce terme des tronçons de cours d’eau ou des bassins versants qui ont une grande valeur écologique ou un état très proche de l’état naturel. Les perles de rivière n’ont subi quasiment aucune atteinte, comme des berges renforcées ou une exploitation hydraulique, et elles abritent une biodiversité correspondant au site.